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Para atualizar o cpanel rode em seu SSH:
/scripts/upcp --force

# Atualizar todos os scripts do cPanel

/scripts/updatenow
# Atualizar para a última versão MySQL suportada

/scripts/mysqlup –force

# Atualizar o e-mail para a última versão

/scripts/exim4 –force

# Corrigir possíveis falhas

/scripts/fixeverything

# Reiniciar o WHM / cPanel

/etc/init.d/cpanel restart