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Para compactar pasta no SSH digite esse comando

tar -zcf nomequevaificaroarquivogerado.tar.gz NOME_DA_PASTA

Exemplo: você quer que o arquivo gerado tenha o nome de arquivo-teste

E o nome da pasta chama-se minha-pasta

o comando ficaria desse modo

tar -zcf arquivo-teste.tar.gz minha-pasta