Primeiramente  em etc/my.conf coloque esses codigos

[mysqld]
innodb_file_per_table=1
open_files_limit=50000
max_connections=4096
default-storage-engine=MyISAM

 

Depois aumente a memória do mysql para 512 Megas

o caminho é esse /usr/local/cpanel/3rdparty/etc/phpmyadmin/php.ini

localize memory_limit = 512

Feito isso reinicie o mysql

execute esse comando no SSH

myisamchk –check /var/lib/mysql/*/*.MYI